Værøy kommun (norska: Værøy kommune) är en ökommun, i den yttre delen av Lofoten i Nordland fylke, Norge. Kommunen består av Værøy(a) och den mindre Mosken samt omkringliggande skär. Den har Moskenesøya i nordöst och Røst i sydväst som närmaste grannar. Fisket sysselsätter på något sätt de flesta av invånarna i kommunen, som 2016 totalt hade 744 invånare.
Klimatet är havsklimat och är blåsigt och fuktigt, med liten skillnad mellan årstiderna. Værøy är känd bland meteorologer för att vara den nordligaste plats (67°40′N) i världen som inte har vinter (under 0° C) någon månad enligt genomsnittsstatistiken.
